La arquitectura del Edificio Fontán se define como austera, sencilla y sin alardes económicos en sus materiales, tal y como demuestra el acristalado del suelo al techo y la decisión de optar por una cubierta metálica, en vez de una revestida de piedra o baldosas de hormigón, de mayor coste económico y también de tiempos.

Precisamente, son el cristal y el metal los materiales que describen su aspecto formal.

Sivenvi ha sido la empresa encargada de la fabricación y colocación del aluminio de sus 6.000 m2 de fachadas.

Dividido en cinco plantas -que suman una superficie total construida de 13.317 metros cuadrados- llaman la atención ciertos servicios o estructuras, fuera de las prestaciones propias de un edificio dedicado a la investigación, como pueden ser los laboratorios.

Estos elementos singulares incluyen un Auditorio, con capacidad para 750 personas divisible en tres salones de actos independientes; los patios interiores; y una calle principal que atraviesa el Edificio Fontán comunicando los dos pasos peatonales de la Cidade da Cultura (la del CINC y la Biblioteca de Galicia), sin tener la necesidad de rodearlo.

El nuevo edificio se caracteriza por su sostenibilidad, funcionalidad y también flexibilidad para facilitar posibles modificaciones futuras en sus servicios y usos.